La casa produttrice Atmel mette a disposizione l'ambiente di sviluppo integrato AVR Studio, totalmente gratuito.

AVR Studio fornisce un set completo di funzionalità compreso il debugger con supporto per il controllo del flusso di esecuzione del codice, compresa l'esecuzione passo-passo ed inserimento di breakpoint.
E' anche possibile visualizzare il contenuto dei registri del microcontrollore e della memoria.

L'ambiente di sviluppo ha anche il supporto per la programmazione dei micro con programmatori esterni, quindi è possibile sfruttare la funzionalità di In-System-Programming per programmare il microcontrollore dopo aver compilato il codice.

Altra caratteristica interessante di AVR Studio è il simulatore integrato, con il quale è possibile simulare l'esecuzione del codice come se girasse in hardware. Utile ad esempio nelle fasi iniziali dello sviluppo di una nuova scheda, quando la scheda con il microcontrollore non è ancora disponibile.